Od roku 1997 vydává ÚKAR periodikum Studia Hercynia, jež v současné době vychází dvakrát ročně. Časopis je recenzován, registrován v databáze ERIH Plus, výlučně cizojazyčný, se zaměřením na klasickou archeologii a antické tradice. K dlouhodobým publikačním počinům patří také řada Pistiros (I–VI), kde jsou publikovány výkopové zprávy a studie související s projektem zaměřeným na výzkum řecké obchodní kolonie ve vnitrozemí Thrákie. Rovněž aktivitám v Uzbekistánu se dostalo zadost svazky Jandavlattepa I a Sherabad Oasis. Několik monografických svazků (Bejrút, Pistiros) vyšlo i v časopisu Eirene – Studia Graeca et Latina vydávaným AV ČR. Ústav dále spolupracuje na projektu Corpus Vasorum Antiquorum, v jehož rámci zatím vyšly 4 svazky věnované antickým vázám v českých sbírkách. Podobně se podílí na řadě Corpus Signorum Imperii Romani, v které byl v roce 2000 vydán první svazek věnovaný římské plastice v českých sbírkách. Spolupracuje také na projektu Lexicon Iconographicum Mythologiae Classicae (hesla, fiches; redakce v Basileji). Tyto projekty jsou realizovány pod záštitou UNESCO, Union académique internationale a Assoziazione internazionale di archeologia clasica. Kromě edic publikují členové ústavu i samostatně: monografie, konferenční sborníky nebo katalogy výstav.
 |
P. Tušlová, The Yurta-Stroyno Archaeological Project. The Pottery Studies. Studia Hercynia, monographs 3 (Prague : Charles University, Faculty of Arts, 2023) 238 pp. ISBN 978-80-7671-110-5 (print), 978-80-7671-111-2 (online) |
 |
P. Tušlová – B. Weissová – S. Bakardzhiev (eds.), The Yurta-Stroyno Archaeological Project. Studies on the Roman Rural Settlement in Thrace (Prague : Charles University, Faculty of Arts, 2022) |
 |
J. Kysela, Things and Thoughts: Central Europe and the Mediterranean in the 4th-1st centuries BC (Prague : Charles University, Faculty of Arts, 2021) 439 pp. ISBN 978-80-7671-005-4 |
 |
R. Kim – J. Mynářová – P. Pavúk (eds.), Hrozný and Hittite: The First Hundred Years. Proceedings of the International Conference Held at Charles University, Prague, 11–14 November 2015. Culture and History of the Ancient Near East 107 (Leiden : Brill, 2020) 676 pp. ISBN 978-90-04-41311-5 (print), 978-90-04-41312-2 (online), |
 |
M. Gavranović – D. Heilmann – A. Kapuran – M. Verčík (eds.), Spheres of Interaction: Contacts and Relationships between the Balkans and Adjacent Regions in the Late Bronze / Iron Age (13th–5th Centuries BCE). Proceedings of the Conference held between 15–17 September, 2017 Institute of Archaeology, Belgrade. Perspectives on Balkan Archaeology 1 (Rahden/Westf.: Verlag Marie Leidorf, 2020) 316 pp. ISBN: 978-3-86757-110-4 |
 |
M. Pieniążek – P. Pavúk – D. Thumm-Doğrayan – E. Pernicka (Hrsg.), Troia 1987–2012: Grabungen und Forschungen III. Troia VI bis VII: Ausgehende mittlere und späte Bronzezeit. Studia Troica Monographien 7 (Bonn : Habelt, 2020). 1130 pp. ISBN: 978-3-7749-4290-5 |
 |
J. Mellnerová Šuteková – M. Bača – P. Pavúk (eds.), SALVE, EDVARDE! A Toast to the Jubilee of Professor E. Krekovič. Edited volume on the occasion of the jubilee of prof. PhDr. Eduard Krekovič, CSc. Studia Archaeologica et Mediaevalia XII (Bratislava : Faculty of Arts, 2019) 228 pp. ISBN 978-80-223-4650-4 (print), 978-80-223-4651-1 (online) |
 |
P. Tušlová– L. Stančo (eds.), Sherabad Oasis: Tracing Historical Landscape in Southern Uzbekistan. (Prague : Karolinum, 2019) 496 pp. ISBN: 978-80-246-3902-4 |
 |
J. Mynářová – P. Onderka – P. Pavúk, The Deir el-Medina and Jaroslav Černý Collections II: Pottery. EMMNP 25 (Prague : National Museum 2018) 220 pp. |
 |
P. Pavúk – V. Klontza-Jaklová – A. Harding (eds.), ΕΥΔΑΙΜΩΝ. Studies in honour of Jan Bouzek. Opera Facultatis philosophicae Universitatis Carolinae Pragensis XVIII (Prague : Faculty of Arts, 2018) 574 pp. ISBN 978-80-7308-767-8 |
 |
J. Bouzek, Studies of Homeric Greece. (Prague : Karolinum, 2018) 310 pp. ISBN 978-80-246-3561-3 (print), 978-80-246-3566-8 (online) |
 |
J. Militký – J. Kysela – M. Tisucká (eds.), Keltové. Čechy v 8. až 1. století před Kristem. Katalog Výstavy. (Prague : National Museum, 2018) 336 pp. ISBN 978-80-7036-553-3 |
 |
J. Bouzek, Art and mind : the development of human mind as seen through the art (Prague : Triton, 2018) 279 pp. ISBN: 978-80-7553-562-7 |
 |
J. Kysela – A. Frank Danielisová – J. Militký (eds.), Stories that made the Iron Age. Studies in Iron Age Archaeology Dedicated to Natalie Venclová (Prague : Archeologický Ústav AV ČR – Filozofická Fakulta UK, 2017) 532 pp. ISBN 978-80-7308-763-0 |
 |
E. Gorogianni – P. Pavúk – L. Girella (eds.), Beyond Thalassocracies. Understanding Processes of Minoanisation and Mycenaeanisation in the Aegean (Oxford : Oxbow Books, 2016) 224 pp. ISBN 978-1-78570-203-7 |
 |
J. Bouzek – J. Militký – V. Taneva – E. Domaradzka (eds.), Pistiros VI : The Pistiros Hoard (Prague : Karolinum, 2016) 186 pp. ISBN 978-80-246-3301-5 |
 |
M. Tisucká – L. Stančo (eds.), Afghanistan. Rescued treasures of Buddhism. Exhibition catalogue (Prague : National Museum, 2016) 223 pp. ISBN 978-80-7036-491-8 |
 |
J. Mynářová – P. Onderka – P. Pavúk (eds.), Proceedings of an International Conference Held in Prague, September 15–18, 2014 (Prague : Faculty of Arts, 2015) 556 pp. ISBN 978-80-7308-575-9 |
 |
J. Bouzek, Mezi archeologií a historií (Prague : FHS UK, 2015) 243 pp. ISBN 978-80-87398-52-4 |
 |
 |
J. Bouzek – J. Musil – I. Ondřejová, Pistiros V. Excavations and Sudies (Prague : Faculty of Arts, 2013) 288 pp. ISBN 978-80-7308-460-8 |
 |
L. Suková et al. (eds.), Bahriya Oasis : Recent Research into the Past of an Egyptian Oasis (Prague : Charles University, 2013) 328 pp. ISBN 978-80-7308-457-8 |
 |
J. Bouzek, Vznik Evropy (Prague : Triton, 2013) 359 pp. ISBN 978-80-7387-670-8 |
 |
P. Pavúk – B. Horejs, Mittel und spätbronzezeitliche Keramik Griechenlands. Sammlung Fritz Schachermeyr III. Österreichische Akademie der Wissenschaften, Philosophisch-Historische Klasse, Denkschriften 439. Veröffentlichungen der Mykenischen Kommission 31 (Wien : Verlag der ÖAW, 2012) 226 pp. ISBN 978-3-7001-7086-0 (print), 978-3-7001-7326-7 (online) |
 |
L. Stančo, Greek Gods in the East. Hellenistic Iconographic Schemes in Central Asia (Prague : Karolinum, 2012) 261 pp. ISBN 978-80-246-2045-9 (print), 978-80-246-2467-9 (online) |
 |
J. Bouzek, Pravěk českých zemí v evropském kontextu (Prague : Triton, 2011) 173 pp. ISBN 978-80-7387-463-6 |
 |
K. Abdullaev – L. Stančo (eds.), Jandavlattepa. The Excavation Report for Seasons 2002–2006 (Prague : Karolinum, 2011) 192 pp. ISBN 978-80-246-1965-1 |
 |
J. Bouzek – J. Musil – L. Domaradzka– S. Archibald (eds), Pistiros, Excavations and Studies IV (Prague : Faculty of Arts, 2010) 287 pp. ISBN 978-80-7308-318-2 |
 |
J. Šuteková – P. Pavúk – P. Kalábková – B. Kovár (eds.), PANTA RHEI. Studies in Chronology and Cultural Development of the Southeastern and Central Europe in Earlier Prehistory Presented to Juraj Pavúk on the Occasion of his 75th Birthday. Studia Archaeologica et Mediaevalia XI (Bratislava : Faculty of Arts, 2010) 622 pp. ISBN 978-80-223-2979-8 |
 |
B. Horejs – R. Jung – P. Pavúk (eds.), Analysing Pottery. Processing – Classification – Publication. Studia Archaeologica et Mediaevalia X (Bratislava : Faculty of Arts, 2010) 324 pp. ISBN 978-80-223-2748-0 |
 |
J. Bouzek, Keltové českých zemích v evropském kontextu (Prague: Triton, 2009) 187 pp. ISBN 978-80-7387-233-5 |
 |
J. Bouzek – L. Domaradzka – Z. H. Archibald (eds.), Pistiros III. Excavations and Studies (Prague : Faculty of Arts, 2007) 286 pp. ISBN 978-80-7308-182-9 |
 |
M. Dufková – I. Ondřejová (eds.), Historie sběratelství antických památek v českých zemích (Prague : Charles University and National Museum in Prague, 2006) 183 pp. ISBN 80-7036-216-2 |
 |
J. Bouzek – L. Domaradzka – Z. H. Archibald (eds.), Pistiros II. Excavations and Studies (Prague : Faculty of Arts, 2002) 286 pp. ISBN 80-246-0159-1 |
 |
J. Bouzek (ed.), Roman sculpture from Syria and Asia minor in Czech collections. Corpus Signorum Imperii Romani, Czech Republic Vol. 1 (Prague : Karolinum, 1999) 26 pp. ISBN 80-7184-752-6 |
 |
J. Bouzek et al. (eds.), Corpus vasorum antiquorum. Fascicule 2, Prague, Université Charles. Fascicule 3, République Tchèque (Prague : Karolinum, 1997) 83 pp. ISBN 80-7184-293-1 |
 |
J. Bouzek, Greece, Anatolia and Europe : cultural interrelations during the early Iron Age (Jonsered : Paul Aströms Förlag, 1997) 322 pp. ISBN 91-7081-168-7 |
 |
J. Bouzek – M. Domaradzki – Z. H. Archibald (eds.), Pistiros I. Excavations and Studies (Prague : Faculty of Arts, 1996) 240 pp. ISBN 80-7184-182-X |
 |
C. W. Beck – J. Bouzek– D. Dreslerová (eds.), Amber in archaeology : proceedings of the second international conference on amber in archaeology, Liblice 1990 (Prague : Institute of Archaeology, 1993) 248 pp. ISBN 80-901026-5-4 |
 |
J. Bouzek (ed.), Ceylon between East and West : Anuradhapura, Abhayagiri Vihara 1981-1984 : excavations and studies (Prague : Karolinum, 1993) 134 pp. ISBN 80-7066-636-6 |
 |
J. Bažant – J. Bouzek – M. Dufková (eds.), Corpus vasorum antiquorum : Prague, Musée national, Fasc. 1. Tchécoslovaquie, Fasc. 2 (Prague : Academia, 1990) 87 pp. ISBN 80-200-0115-8 |
 |
J. Bouzek, Studies of greek pottery in the Black sea area (Prague : Charles University, 1990) 199 pp. |
 |
J. Bouzek, The Aegean, Anatolia and Europe : cultural interrelations in the second millennium B.C. (Göteborg : P. Åströms, 1985) 271 pp. |
 |
J. Bouzek – I. Ondřejová (eds.), Samothrace 1923/1927/1978 : the results of the Czechoslovak excavations in 1927 conducted by A. Salač and J. Nepomucký and the unpublished results of the 1923 Franco-Czechoslovak excavations conducted by A. Chapouthier (Prague : Charles University, 1985) 161 pp. |
 |
J. Bouzek, The Results of the Czechoslovak expedition : Kyme II (Prague : Charles University, 1980) 156 pp. |
 |
J. Bažant – J. Bouzek – M. Dufková – I. Ondřejová (eds.), Corpus vasorum antiquorum : Tchécoslovaquie. Fasc. 1, Prague, Université Charles. Fasc. 1 (Prague : Academia, 1978) 62 pp. |
 |
J. Bouzek (ed.), Anatolian Collection of Charles University : Kyme I (Prague : Charles University, 1975) 217 pp. |