Samostatný studijní obor Klasická archeologie byl na pražské univerzitě založen roku 1871, prvním profesorem byl Otto Benndorf, jeho nástupcem na německé větvi pak zejména Wilhelm Klein. Hned od počátku patřilo k ústavu rovněž muzeum odlitků antických soch, které jsou dnes vystaveny v GAU v Hostinném a na státním zámku Duchcov. Po rozdělení univerzity se prvním profesorem na české větvi stal Miroslav Tyrš, po jeho smrti samostatný ústav budovali postupně Hynek Vysoký a po něm Jindřich Čadík a Růžena Vacková, kteří oba byli zatčeni a odsouzeni jednak za války a později znovu komunistickým režimem. Významně se zejména v meziválečné době do dějin české klasické archeologie zapsal Antonín Salač. Pozoruhodné jsou rovněž dějiny Ústavu pro klasickou archeologii po druhé světové válce, ale také tradiční vazby k archeologii Bulharska. Při reformě v 50-tých letech byl ústav přiřazen ke klasické filologii a starověkým dějinám, se kterými tvořil Katedru věd o antickém starověku. Na počátku 90-tých let došlo k opětovnému osamostatnění ústavu. Jde tedy o studium s dlouholetou tradicí, z něhož vzešla řada odborníků, kteří se uplatnili již v Rakousko-Uhersku, později pak v Československu, v České republice i ve světě (např. Jiří Frel). Obor se jako samostatný udržel až donedávna jako jediný akreditovaný, v současné době se studuje ještě na Masarykově univerzitě v Brně. Čeští klasičtí archeologové se také během 20. století podíleli na řadě zajímavých projektů ve Středomoří.